Actualités Archives - Soladis Omics

Soladis Omics, in english please : The evolution of Bio(logical) Data exploration – and beyond

[mk_page_section bg_image=”https://www.soladisomics.fr/wp-content/uploads/sites/8/2017/09/article-1-visuel-1.jpg” bg_position=”center top” video_opacity=”0″ min_height=”0″ full_width=”true” js_vertical_centered=”true” top_shape_color=”#ffffff” bottom_shape_color=”#ffffff” sidebar=”sidebar-1″][vc_column][mk_padding_divider size=”50″ visibility=”hidden-tl”][mk_padding_divider size=”50″ visibility=”hidden-sm”][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner][mk_fancy_title tag_name=”h1″ color=”#ffffff” size=”50″ force_font_size=”true” size_smallscreen=”50″ size_tablet=”50″ size_phone=”25″ font_weight=”bold” txt_transform=”uppercase” margin_bottom=”0″ font_family=”Raleway” font_type=”google”]The evolution of Bio(logical) Data exploration – and beyond[/mk_fancy_title][/vc_column_inner][/vc_row_inner][mk_padding_divider size=”50″ visibility=”hidden-tl”][mk_padding_divider size=”50″ visibility=”hidden-sm”][/vc_column][/mk_page_section][mk_page_section bg_color=”#ffffff” bg_position=”center top” video_opacity=”0″ min_height=”0″ full_width=”true” js_vertical_centered=”true” padding_top=”30″ padding_bottom=”30″ top_shape_color=”#ffffff” bottom_shape_color=”#ffffff” sidebar=”sidebar-1″][vc_column][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner][vc_column_text css=”.vc_custom_1637419440355{margin-bottom: 0px !important;}”]As our society gets into more and more complicated challenges to face, the scientific community embraces the cause of biological data exploration in order to bring new solutions to these challenges.

This month of November 2021 has been a very special one for a great community of Data Experts in the Life Science area, as it brought the community back together under the same roof, “In Real Life”, enabled also lively “phygital” discussions with their peers, and inspiring high-level conferences.

From Switzerland to France, attending to the BioData World Congress 2022 | 8 – 10 November 2022 and Festival of Biologics | 9 – 11 November 2021 in Basel, and then to the Immunotherapies & Innovations for Infectious Diseases Congress | I4ID 2021 in Lyon, our team has had the chance to get deeper into these topics and present its strong experience in the field, especially the -Omics one.

The programs of these events were fully directed into one goal : tackling the technical and scientific challenges of data exploration, and exchange with representative of various organizations, in order to identify the best way to perform it – both on the scientific and ethical levels. This enabled the conferences to be applied on the whole R&D Lifecycle of pharma, biotech and medtech development, from the very early stage of Lab discovery to the late step of post-market and epidemiological studies, and to explore on multiple -Omics application.

Among the explored topics, the AI (Artificial Intelligence) was a centric point, with a continuous redefinition of “What does AI mean to the researchers?”, as a trendy solution but which can have a “black box” effect, especially irrelevant for regulatory purposes. The “garbage in – garbage out” sentence has been quoted several times as well, as an important elements to keep in mind for all data users.

In particular, new opportunities of applications of AI for protein design have been presented, as recent innovations have led to the development of powerful tools that can be used to predict new protein designs and explore specific properties.

Specific AI methods have been presented as well, which have been developed in order to detect dengue-specific antibody repertoire and sequence patterns.

A combination of multi-omics and clinical data combined with AI-integrated advanced analytics have also been presented, to drive discoveries within precision oncology approaches, personalized medecine or Rare Diseases.

Other innovative solutions and methods have been presented as well, raising interest and curiosity in the community.

Blockchain applications for clinical trials, applied on patient data, have been presented as a possible new state-of-the-art method, enabling perfect control on patient’s data, and best security.

Quantum computing has been an interesting elements to explore as well, which will certainly be raising within the next 4 to 5 years, as the technology is today at a very early stage… But well supported by strong pharma players !

The combination of in vitro, in vivo and in silico data as a whole, as well as multi-Omics approachs and merging automation and data management, have been explored within multiple conferences, as this new trend enables a stronger and more holistic vision on the dataset, leading to more integrated and powerful analytics.

Focusing on the -Omics, the metagenomics, transcriptomics, proteomics and metabolomics areas have been present in a number of conferences, as well as the chemiomics one and multiple others. The multi-omics applications as well as the complexity of Omics data integration between them and with other data of various nature have been largely explored. Spatial Omics has also been presented as a very fresh perspective of application in this rapidly evolving area.

This month of November has been incredibly rich in term of ideas, innovations, networking, and more generally food for thoughts.

We are very much looking forward to next year for the next editions, and certainly presenting you a piece of our work ![/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][/vc_column][/mk_page_section][vc_row fullwidth=”true” fullwidth_content=”false”][vc_column][templatera id=”693″][/vc_column][/vc_row] READ MORE

Soladis Omics déploie ses premières formations sur cette fin d’année !

Nos 4 nouveaux modules de formation Omics seront concentrés sur diverses thématiques et adaptés aux différents niveaux :

Introduction aux méthodes de séquençage NGS et applications en génomique, métagénomique et transcriptomique : cette formation vous permettra de comprendre les différentes solutions et caractéristiques de séquençage de dernière génération, de vous familiariser avec leurs applications et de mener à bien les différentes étapes de vos futurs projets NGS
Comprendre la diversité taxonomique et fonctionnelle des microbiotes par approche métagénomique : Les biologistes et les bioinformaticiens pourront mieux maîtriser les bases de projets de métagénomique ciblée ou shotgun et apprendre à extraire et analyser les informations de biodiversité de vos microbiotes d’intérêt
Analyse génomique microbienne : nous guiderons biologistes et les bioinformaticiens pour qu’ils apprennent à mener à bien leurs projets microbiens et à comprendre le contenu génomique de vos souches d’intérêt au travers de méthodologies dédiées à l’analyse de génomes bactériens ou viraux
Analyse de données RNA-seq : cette formation, adressée à des biologistes, bioinformaticiens et biostatisticiens vous permettra d’analyser vos données de transcriptome de la mise en place du projet à l’exploration fonctionnelle de signatures en passant par l’analyse différentielle de vos gènes d’intérêt

Pour en savoir plus sur ces formations et tous nos autres programmes, rendez vous sur notre site Soladis Institute ![/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][/vc_column][/mk_page_section][vc_row fullwidth=”true” fullwidth_content=”false”][vc_column][templatera id=”693″][/vc_column][/vc_row] READ MORE

Soladis -Omics, la nouvelle offre de Soladis dédiée aux données -Omiques

[mk_page_section bg_image=”https://www.soladisomics.fr/wp-content/uploads/sites/8/2017/09/article-1-visuel-1.jpg” bg_position=”center top” video_loop=”false” video_opacity=”0″ min_height=”0″ full_width=”true” js_vertical_centered=”true” top_shape_color=”#ffffff” bottom_shape_color=”#ffffff” sidebar=”sidebar-1″][vc_column][mk_padding_divider size=”50″ visibility=”hidden-tl”][mk_padding_divider size=”50″ visibility=”hidden-sm”][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner][mk_fancy_title tag_name=”h1″ color=”#ffffff” size=”50″ force_font_size=”true” size_smallscreen=”50″ size_tablet=”50″ size_phone=”25″ font_weight=”bold” txt_transform=”uppercase” margin_bottom=”0″ font_family=”Raleway” font_type=”google”]Soladis -Omics, la nouvelle offre de Soladis dédiée aux données -Omiques[/mk_fancy_title][/vc_column_inner][/vc_row_inner][mk_padding_divider size=”50″ visibility=”hidden-tl”][mk_padding_divider size=”50″ visibility=”hidden-sm”][/vc_column][/mk_page_section][mk_page_section bg_color=”#ffffff” bg_position=”center top” video_loop=”false” video_opacity=”0″ min_height=”0″ full_width=”true” js_vertical_centered=”true” padding_top=”30″ padding_bottom=”30″ top_shape_color=”#ffffff” bottom_shape_color=”#ffffff” sidebar=”sidebar-1″][vc_column][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner][/vc_column_inner][/vc_row_inner][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner width=”1/3″][vc_single_image image=”1517″ img_size=”medium”][/vc_column_inner][vc_column_inner width=”2/3″][vc_column_text]Les prouesses technologiques réalisées depuis ces trente dernières années, couplées aux progrès en biologie moléculaire ont permis aux scientifiques une nouvelle lecture du vivant. Ce qui n’était que conjecture – un micro-organisme peut s’adapter à son environnement – est désormais compris et expliqué – par des processus biologiques compliqués de pathogénicité et d’adaptation évolutive.
Les nouvelles technologies (séquençage, RMN, spectrométrie de masse etc.) permettent d’accéder à des données génétiques et moléculaires d’un grand potentiel, applicables à des thématiques variées comme la médecine, l’agriculture, la cosmétologie ou encore l’environnement.
Accéder à ces données biologiques n’est que le premier pas d’une démarche de valorisation de l’information du vivant. Pour être en mesure d’interpréter ces données, il est nécessaire de coupler des expertises dans le domaine des -Omics et de l’analytique (data-management, bioinformatique et biostatistique).[/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner][vc_column_text]

Une nouvelle équipe dédiée aux problématiques actuelles

Le lancement de la nouvelle entité, Soladis Omics, se concrétise pour répondre à un besoin croissant de la part des industriels de la santé, de la cosmétique, de l’agroalimentaire et de l’environnement d’accéder à un savoir-faire dans l’analyse de données issues des domaines des –Omics (génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique, métagénomique). En combinant l’expertise clinique et médicale de Soladis Clinical Studies, les compétences de gestion de gros volumes de données de Soladis Digital et le savoir-faire analytique de Soladis -Omics, nos équipes sont à même d’apporter un support complet dans la gestion des projets -Omics.
Soladis peut prendre en main les projets -Omics dans leur ensemble :

design de protocole,
accès aux données –Omics grâce à des partenaires spécialisés,
transformation et analyse de ces données
interprétation des données par un expert métier biologiste ou médecin.

[/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner][vc_column_text]

Un accompagnement sur mesure et une synergie entre les expertises Soladis

Depuis sa création en 2000, Soladis développe des départements spécialisés complémentaires proposant des services spécifiques autour de la donnée, et le département Omics vient s’intégrer dans cette logique.

[/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][/vc_column][/mk_page_section][mk_page_section bg_color=”#ededed” bg_position=”center top” video_loop=”false” video_opacity=”0″ min_height=”0″ full_width=”true” js_vertical_centered=”true” padding_top=”30″ padding_bottom=”30″ top_shape_color=”#ffffff” bottom_shape_color=”#ffffff” sidebar=”sidebar-1″][vc_column][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner width=”1/2″][vc_column_text]De plus en plus d’études cliniques cherchent à apporter la preuve scientifique d’un lien entre des paramètres physiologiques d’une pathologie et un biomarqueur.
Dans ce cadre, l’analyse de données -Omics permet d’identifier les patients à inclure dans l’étude (détection ou pas du biomarqueur d’intérêt par exemple). Soladis Clinical Studies apporte son savoir-faire clinique et médical, dans la rédaction du protocole et la prise en main de l’étude clinique. Soladis Connect, grâce à son appréciation du monde des capteurs et objets connectés identifie la technologie qui permettra la mesure objective du paramètre physiologique étudié. En recoupant les informations issues de Connect et Omics, Soladis Digital est en mesure d’établir des corrélations entre les variables, et de mettre à disposition de vos équipes de véritables gestionnaires de données. Les interfaces crées (application, interfaces web, dashboards ou dataviz) sont adaptées au destinataire (plus ou moins complexe) et permettent un rendu et une exploitation visuelle des données -Omics. Enfin, l’accompagnement Soladis Clinical Studies se fait jusqu’à la rédaction du rapport clinique et sa soumission aux autorités de santé.
Avec un fonctionnement en « tiroir » ou dans la globalité, les prestations de Soladis restent donc multiples et très flexibles.[/vc_column_text][/vc_column_inner][vc_column_inner width=”1/2″][vc_single_image image=”1518″ img_size=”500×250″][vc_column_text][/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner][vc_column_text]

Illustrations et cas pratiques de sujets -Omics

Voici quelques exemples de projets liés aux problématiques des –Omics :
L’une des grandes tendances actuelles dans le domaine des –Omics est l’identification de biomarqueurs dans le développement de diagnostics et thérapies personnalisées. Par exemple, l’identification de biomarqueurs circulants oncologiques (cancéreux) à partir de grandes bases de données patients issues du séquençage d’échantillons sanguins. Les attentes autour de ce genre de projet sont nombreuses :

Le développement de diagnostics personnalisés sous forme de biopsie liquide, évitant ainsi la biopsie qui est contraignante pour le patient et parfois impossible à réaliser
Le développement de thérapies personnalisées anti-cancéreuses
Le développement de solutions nouvelles pour le suivi d’un traitement

[/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][/vc_column][/mk_page_section][mk_page_section bg_color=”#ffffff” bg_position=”center top” video_loop=”false” video_opacity=”0″ min_height=”0″ full_width=”true” js_vertical_centered=”true” padding_top=”30″ padding_bottom=”30″ top_shape_color=”#ffffff” bottom_shape_color=”#ffffff” sidebar=”sidebar-1″][vc_column][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner width=”1/2″][vc_single_image image=”1519″ img_size=”full”][vc_column_text][/vc_column_text][/vc_column_inner][vc_column_inner width=”1/2″][vc_column_text]Autre domaine, autre exemple :
La tendance est à l’heure de projets liés aux analyses métagénomiques, sur des applications diverses. L’importance du microbiote dans de nombreuses pathologies du système digestif pousse à l’identification de sa composition et de son évolution. Il s’agit par exemple :

De surveiller l’influence d’un produit ou d’une routine sur le microbiote de la peau ou sur le microbiote intestinal
De vérifier l’impact d’un complément alimentaire sur le bien-être d’animaux de rente ou d’animaux dits de compagnie
D’identifier des gènes d’intérêt dans la recherche de biomarqueurs et de vérifier l’impact du microbiote intestinal sur le système immunitaire

Les potentiels associés aux -Omics sont observables dans des domaines applicatifs très variés et vous pourrez retrouver d’autres études de cas.

« Il ne suffit pas de «voir» un objet jusqu-là invisible pour le transformer en objet d’analyse … Il faut encore qu’une théorie soit prête à l’accueillir. » La Logique du vivant (1976) de François Jacob[/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][/vc_column][/mk_page_section][vc_row fullwidth=”true” fullwidth_content=”false”][vc_column][templatera id=”693″][/vc_column][/vc_row] READ MORE

89ÈME PUBLICATION POUR SOLADIS

[mk_page_section bg_color=”#ededed” bg_position=”center top” video_loop=”false” video_opacity=”0″ min_height=”0″ full_width=”true” js_vertical_centered=”true” padding_top=”30″ padding_bottom=”30″ top_shape_color=”#ffffff” bottom_shape_color=”#ffffff” sidebar=”sidebar-1″][vc_column][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner width=”1/3″][vc_single_image image=”192″ img_size=”full”][vc_column_text][/vc_column_text][vc_column_text][/vc_column_text][/vc_column_inner][vc_column_inner width=”2/3″][vc_column_text] Soladis est fière de voir paraître ce mois-ci une nouvelle publication impliquant le travail de ses collaborateurs. Ce mois-ci, c’est notre filiale Suisse qui est à l’honneur, avec ce 89ème article : Assessment of Preclinical Liver and Skeletal Muscle Biomarkers Following Clofibrate Administration in Wistar Rats Le travail effectué par Soladis sur le sujet s’est porté sur des activités de réflexion méthodologiques sur les analyses statistiques à produire, puis sur la réalisation de ces analyses. Pour plus de détails, c’est par ici. [/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][/vc_column][/mk_page_section][vc_row fullwidth=”true”][vc_column][templatera id=”693″][/vc_column][/vc_row] READ MORE

A la découverte de nos activités dans les -Omics

[mk_page_section bg_image=”/wp-content/uploads/sites/8/2018/09/soladis_omics_actu.jpg” bg_position=”center top” video_loop=”false” video_opacity=”0″ min_height=”0″ full_width=”true” js_vertical_centered=”true” top_shape_color=”#ffffff” bottom_shape_color=”#ffffff” sidebar=”sidebar-1″][vc_column][mk_padding_divider size=”50″ visibility=”hidden-tl”][mk_padding_divider size=”50″ visibility=”hidden-sm”][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner][mk_fancy_title tag_name=”h1″ color=”#ffffff” size=”50″ force_font_size=”true” size_smallscreen=”50″ size_tablet=”50″ size_phone=”25″ font_weight=”bold” txt_transform=”uppercase” margin_bottom=”0″ font_family=”Raleway” font_type=”google”]À la découverte de nos activités dans les -omics[/mk_fancy_title][/vc_column_inner][/vc_row_inner][mk_padding_divider size=”50″ visibility=”hidden-tl”][mk_padding_divider size=”50″ visibility=”hidden-sm”][/vc_column][/mk_page_section][mk_page_section bg_color=”#ededed” bg_position=”center top” video_loop=”false” video_opacity=”0″ min_height=”0″ full_width=”true” js_vertical_centered=”true” padding_top=”30″ padding_bottom=”30″ top_shape_color=”#ffffff” bottom_shape_color=”#ffffff” sidebar=”sidebar-1″][vc_column][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner][vc_column_text]Lors des derniers 18 mois, Soladis a intégré dans ses rangs des profils de biostatisticiens et bioinformaticiens spécialisés dans l’univers des « omics ». La palette d’expertises Soladis comportait jusqu’alors des profils plus cliniques, industriels, et marketing, et nous avons été fiers d’intégrer ces nouvelles compétences propres à répondre aux nouvelles problématiques de secteurs d’activités déjà pourtant bien connus.

Pour démystifier un peu ce secteur d’activité et vous offrir l’opportunité de mieux le comprendre, nos référents biostatistique et bioinformatique -omic partagent avec vous, au travers de ce premier article décrivant un pan de leur activité, un peu de l’univers dans lequel ils gravitent ![/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner width=”1/3″][vc_single_image image=”1660″ img_size=”full”][/vc_column_inner][vc_column_inner width=”2/3″][vc_column_text]Mais au fait, qu’est-ce qu’un biomarqueur, à quoi sert-il et comment l’utiliser ?

La définition de la FDA (Food and Drug Administration) est on ne peut plus claire à ce sujet: « un biomarqueur est une caractéristique objectivement mesurable, évaluée comme un indicateur de processus biologiques normaux, de processus pathologiques ou d’une réponse biologique à une intervention thérapeutique ». Un exemple familier pour de nombreuses personnes est l’utilisation du taux de glucose sanguin pour mesurer l’efficacité du traitement contre le diabète. Dans ce cas, le glucose est le BMK (biomarqueur).

D’ailleurs, il existe différents types de BMKs suivis dans le cadre des études pharmaceutiques en préclinique et en clinique.[/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner][vc_column_text]Par exemple, les BMKs macroscopiques à l’échelle d’un organe ou d’un organisme :

les données issues de l’imagerie médicale du genou (e.g. IRM) sont par exemple des BMKs de l’arthrose,
la pression artérielle, l’eCG permettent de suivre des évènements cardiovasculaires,
des facteurs de risque tels que le BMI ou l’âge permettent de prévoir la susceptibilité à devenir obèse.

Mais également, les BMKs moléculaires tels que :

les protéines sanguines dont la mesure est facilement accessible par prélèvement sanguin,
les BMKs cellulaires (acides nucléiques, protéines, métabolites) : e.g. dans le cas de certaines mutations (causales) on peut prédire la survenue de certaines maladies.

Par ailleurs, les caractéristiques des BMKs recherchés sont principalement de trois grands ordres correspondant aux objectifs de développement produit. Les objectifs peuvent être pronostiques (en l’absence de traitement suivre l’évolution d’une maladie), prédictifs (prédire l’influence d’un traitement) ou enfin pharmacodynamiques (suivre une cinétique d’expression au cours du temps). Ces BMKs une fois identifiés permettront par exemple d’implémenter les cohortes en patients progresseurs pour une pathologie donnée, d’administrer la dose de traitement adéquate au moment le plus opportun (« 3R : Right Medication, Right Patient, Right Dose »).[/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][/vc_column][/mk_page_section][mk_page_section bg_color=”#ffffff” bg_position=”center top” video_loop=”false” video_opacity=”0″ min_height=”0″ full_width=”true” js_vertical_centered=”true” padding_top=”30″ padding_bottom=”30″ top_shape_color=”#ffffff” bottom_shape_color=”#ffffff” sidebar=”sidebar-1″][vc_column][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner width=”1/2″][vc_column_text]Mais alors, les données « Omics » c’est quoi au juste ?

Le suffixe « Omics » tire son origine du mot sanscrit « -ome », qui désigne la complétude et la plénitude (Lederberg, McCray, 2001). La fusion avec les mots « gène » ou « transcrits » qui a donné par la suite « génome » ou « transcriptome » se réfèrent donc à l’étude d’un tout pour un certain type de molécules. En effet, la cellule exprime à chaque instant des milliers de molécules qui constituent la machinerie cellulaire aboutissant à une fonction concrète (e.g. migration, différentiation, …). Le rôle des technologies Omics est donc de capter cette information et ainsi de prendre une « image » des modifications moléculaires afin de mieux les comprendre.

Pouvez-vous me donner un exemple concret d’application ?[/vc_column_text][/vc_column_inner][vc_column_inner width=”1/2″][vc_single_image image=”1449″ img_size=”500×250″][vc_column_text]Figure 1 : Les ARNs dans la régulation de l’expression des gènes

(d’après Wahlestedt (2013) Targeting long non-coding RNA to therapeutically upregulate gene expression. Nature Reviews Drug Discovery 12, 433–446.)[/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner][vc_column_text]

Dans toutes cellules nous retrouvons de l’ADN, transcrit ensuite en ARN messager, lui-même traduit en protéines (figure 1). Une des méthodes les plus actuelle pour évaluer la nature et l’abondance des molécules d’ADN ou d’ARN est le séquençage d’acides nucléiques (NGS : Next Generation Sequencing).

Son principe est simple : les molécules sont extraites de pools cellulaires, elles sont ensuite fragmentées et analysées via une machine appelée séquenceur. Cet appareil lit des millions de suites de nucléotides (A, T, C, G) appelées lectures (« Reads » en anglais). Chaque lecture correspond à une partie d’une séquence plus longue. L’objectif du séquençage d’ARN est d’évaluer le niveau d’expression des gènes tandis que le séquençage d’ADN permet d’identifier des modifications de la séquence génétique[/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][/vc_column][/mk_page_section][mk_page_section bg_color=”#ededed” bg_position=”center top” video_loop=”false” video_opacity=”0″ min_height=”0″ full_width=”true” js_vertical_centered=”true” padding_top=”30″ padding_bottom=”30″ top_shape_color=”#ffffff” bottom_shape_color=”#ffffff” sidebar=”sidebar-1″][vc_column][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner width=”1/2″][vc_single_image image=”1511″ img_size=”full”][vc_column_text]Figure 2 : Principe de l’analyse différentielle sur des données RNAseq entre deux groupes pharmacologique d’intérêt[/vc_column_text][/vc_column_inner][vc_column_inner width=”1/2″][vc_column_text]La première étape est aux mains du bioinformaticien qui vérifie la validité des millions de lectures obtenues. Cette étape est très importante pour identifier les erreurs de séquençage et il existe des logiciels spécialisés qui permettent d’évaluer les paramètres de qualité des données au cours du préprocessing.

La seconde étape s’appelle l’alignement (« mapping » en anglais). Chaque fragment est comparé au génome de référence afin d’identifier sa localisation. Une alternative de plus en plus utilisée, créée au départ pour les organismes non modèles (ceux pour lesquels un génome de référence n’était pas disponible), est celle de l’assemblage de novo : méthode bioinformatique in silico, elle consiste à comparer les fragments séquencés entre eux afin de reconstruire la séquence originale de la molécule investiguée.[/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][vc_row_inner is_fullwidth_content=”false”][vc_column_inner][vc_column_text]Suite à l’alignement, il est possible de comptabiliser le nombre de lectures associées à chaque transcrit. Ce résultat ne peut pas être utilisé en tant que tel à cause du biais moyenne/variance, et nécessite des transformations mathématiques/statistiques indispensables (e.g. regularized log) ou encore une modélisation de la variance adéquate (les comptages suivent des lois négatives binomiales) avant une analyse différentielle entre deux conditions d’intérêt (figure 2). Cette analyse permet notamment d’identifier des signatures divergentes entre deux états biologiques (e.g. traité vs contrôle) et constitue la base de la découverte des BMKs.

Les analyses bioinformatiques permettent également de réaliser des analyses de variation de séquence. Ces « variants » peuvent être de plusieurs types :

des variants d’épissage (un gène est composé d’un ou plusieurs exons qui ne sont pas tous transcrits en ARN : c’est l’épissage alternatif),
des mutations de séquence (insertions, délétions ou substitutions de nucléotides),
des modifications plus globales au niveau du génome comme les translocations, observées grâce à la présence de gènes de fusion : gène hybride formé de deux gènes distants.

Ces variants peuvent également servir de biomarqueurs notamment dans l’analyse des cancers où la présence ou l’absence d’une certaine mutation dans les cellules tumorales permet de choisir le traitement adapté.[/vc_column_text][vc_column_text]Au final, les biostatistiques et la bioinformatique proposent aujourd’hui un ensemble d’outils mathématiques et informatiques qui constituent autant d’outils pour la découverte de nouveaux BMKs.[/vc_column_text][/vc_column_inner][/vc_row_inner][/vc_column][/mk_page_section][vc_row fullwidth=”true” fullwidth_content=”false”][vc_column][templatera id=”693″][/vc_column][/vc_row] READ MORE